Vidaus audito skyrius

Finansų skyrius

Teisės skyrius

Personalo skyrius

Kelių transporto veiklos reguliavimo skyrius

Kontrolės koordinavimo skyrius

Saugaus eismo skyrius

Viešųjų pirkimų ir turto valdymo skyrius

Bendrasis skyrius 

Technikos skyrius

      Technikos skyriaus Techninių apžiūrų poskyris

Informacinių technologijų skyrius

Vilniaus regiono departamentas

     Vilniaus regiono departamento Vilniaus kontrolės skyrius

     Vilniaus regiono departamento Paslaugų administravimo skyrius

     Vilniaus regiono departamento Ūkio skyrius
 
     Vilniaus regiono departamento Alytaus kontrolės skyrius

Kauno regiono departamentas

     Kauno regiono departamento Kauno kontrolės skyrius

     Kauno regiono departamento Paslaugų administravimo skyrius

     Kauno regiono departamento Marijampolės kontrolės skyrius

Klaipėdos regiono departamentas

     Klaipėdos regiono departamento Klaipėdos kontrolės skyrius

     Klaipėdos regiono departamento Transporto priemonių kontrolės skyrius

     Klaipėdos regiono departamento Paslaugų administravimo skyrius
 
     Klaipėdos regiono departamento Tauragės kontrolės skyrius

Panevėžio regiono departamentas

     Panevėžio regiono departamento Panevėžio kontrolės skyrius
 
     Panevėžio regiono departamento Paslaugų administravimo skyrius

     Panevėžio regiono departamento Utenos kontrolės skyrius

Šiaulių regiono departamentas

     Šiaulių regiono departamento Šiaulių kontrolės skyrius
 
     Šiaulių regiono departamento Paslaugų administravimo skyrius